Походив з брацлавського роду Кошичів, або Кошків. Народився в шляхетській сім’ї. З 1550 р. Кішка брав участь у походах Байди Вишневецького, де набув великого бойового хисту, завзяття та великого авторитету серед козацтва. Тому не випадково, що після загибелі Вишневецького його в 1564 р. обирають гетьманом.
Уперше вийшов у Чорне море в 1567 р. і протягом двох років штурмував міста Козлов, Ізмаїл, Кілю, Білгород та Очаків. У відповідь турецький султан у 1568 р. підтягує до Очакова регулярний флот, погрожуючи польському королю великою війною, якщо той не приборкає «шалених» козаків та їхнього ватажка. Переляканий Сигізмунд II Август видав наказ, де вимагав, щоб козаки «зійшли з Низу» (тобто із Запорожжя), оселилися біля прикордонних замків, записалися до реєстру на королівську службу і воювали лише там, де їм накажуть воєводи чи старости. За це польський уряд обіцяв запорожцям високу платню. Польський король призначив над козаками коронного гетьмана — шляхтича Яна Бодовського. Частина козаків погодилася на пропозицію короля, в подальшому реєстрові козаки.
У 1573 р. в одному з морських походів ескадра Самійла Кішки зазнала поразки від турецького флоту, а сам гетьман потрапив у полон. У 1599 р. організував на турецькій галері повстання українських невільників, які, перебивши команду, повернулися в Україну. Повстання невільників на чолі з Самійлом Кішкою оспівано в українській народній думі «Самійло Кішка».
Гетьман добився від польського короля Сигізмунда ІІІ Вази скасування баніції (закону про визнання козаків поза законом), що привело до офіційного визнання козацтва. Доклав чимало зусиль, щоб припинити міжусобні сутички між реєстровими і нереєстровими козаками. Здійснив похід у Валахію, де виступив на боці господаря Міхая. В 1600 р. очолював запорожців у спільному
На думку деяких учених, місцем поховання Кішки стала збудована ним у Києві церква Миколи Доброго.
