Точних відомостей про дату й місце народження Івана Федорова, як і взагалі про його рід, немає. За однією версією, він був родом із с. Пітковичі, що на кордоні сучасної Мінської та Брестської областей.
Закінчив Краківський університет. Імовірно, у 1532 р. одержав ступінь бакалавра Краківського університету. Спеціаліст із грецької й староєврейської мов. У промоційній книзі Краківського університету є запис про те, що «Johannes Theodori Moscus» (Іван Федоров) удостоєний ступеня бакалавра. З
Разом із митрополитом Макарієм приїхав до Москви й до 1553 р. служив дияконом у храмі Миколи Гостунського. У 1564 р. вийшла перша датована книга (Апостол) московського друку за участю Івана Федорова та його помічника П. Мстиславця. На початку 1566 р. Іван Федоров за підтримки мецената, гетьмана Великого князівства Литовського Григорія Ходкевича заснував друкарню в Заблудові (тепер Польща), у якій було надруковано «Учительне Євангеліє», пізніше — Псалтир та Часословець.
У 1572 р. Іван Федоров переїхав до Львова, де за сприяння духівництва, міщан та ремісників заклав нову друкарню. У лютому 1573 р. він розпочав видання першої відомої нам друкованої книги в Україні — Апостол, що вийшла у світ 15 лютого 1574 р. Того ж року надруковано «Буквар» — перший навчальний посібник з граматики старослов’янської мови.
Згодом князь Костянтин Острозький запросив Івана Федорова до м. Острог, де він надрукував Острозьку Біблію, першу повну Біблію старослов’янською мовою.
На початку 1583 р. Іван Федоров повернувся до Львова, де заснував нову друкарню. На прохання кардинала Птолемео Галлі він вирушає до Рима для надання допомоги в друкуванні. Тоді ж Федоров побував у Відні, щоб запропонувати австрійському імператорові Рудольфу II свій винахід — швидкострільну гармату.
Обтяжений турботами й численними боргами, Іван Федоров захворів і 15 грудня 1583 р. помер. Похований у Львові у Святоонуфріївському монастирі.
У 1971 р. під час розбирання монастирскої стіни було знайдено останки першодрукаря та його сина Івана, який помер за загадкових обставин через три роки після смерті батька.